山西大学晋商学研究所下设办公室、教师工作室、研究生自习室、晋商展览室、图书资料室和学术报告厅等。

　　山西省晋商学与区域经济发展协同创新中心、山西省晋商文化研究会、中国国家民俗协会山西分会也挂靠在晋商学研究所，由研究所相关人员负责其日常事务。